本学会専門医制度は、1973年(昭和48年)に口腔外科学の専門的知識と経験を有する歯科医師または医師の養成と、口腔外科医療の発展と水準の向上をはかることを目的として発足し、1980年(昭和55年)8月の第1回認定から2024年(令和6年)4月までに2332名の専門医が認定されております。

2003年に専門医を認定する機構を根本から見直すべく、専門医制度検討委員会を立ち上げ、2004年10月に新専門医制度規則を、2005年10月に同委員会規則および施行細則を施行しました。新規則は資格条件や審査について、より臨床に重点を置くもので、研修カリキュラムを見直し、試験科目に実地審査を採用いたしました。この新規則による最初の専門医認定は2008年より始まりました。また、2020年10月1日からは(一社)日本歯科専門医機構という第三者機関からの認定に移行し、より客観性と透明性の高い制度となっています。